Introdução: Os mecanismos do processo de patogênese das lesões periapicais crônicas ainda necessitam de mais discussões. Células-tronco mesenquimais (CTM) presentes na região periapical podem participar do processo de gênese e desenvolvimento das periodontites apicais crônicas, em virtude da capacidade de migração e diferenciação em ambientes inflamatórios. Objetivo: Avaliar a expressão imuno-histoquímica dos marcadores de CTM (CD44, CD45, CD73 e CD105) em lesões periapicais crônicas. Metodologia: Dez amostras de cistos periapicais e dez granulomas periapicais foram selecionadas do arquivo de blocos do laboratório de ciência endodôntica da Faculdade de Odontologia da Universidade Federal de Goiás (FO/UFG) para realização de reação imuno-histoquímica. A frequência da presença ou ausência dos marcadores CD44, CD45, CD73 e CD105 foi avaliada sob microscopia óptica de luz nos campos de maior expressão, e a expressão imuno-histoquímica de CTM foi determinada quando houve co-expressão positiva nos marcadores CD44, CD73 e CD105 e expressão negativa para o marcador CD45. A frequência das variáveis qualitativas foram obtidas e avaliadas pelo Teste do Qui-quadrado. Foram considerados significativos valores de p < 0,05. Resultados: Nos granulomas periapicais, 20% (2/10) apresentaram co-expressão para os marcadores positivos de CTM (CD44, CD73 e CD105) associado a ausência de expressão para o marcador negativo de CTM (CD45). No grupo de cistos periapicais não houve casos (0/10) de co-expressão imuno-histoquímica para os marcadores CD44, CD73 e CD105 associado a ausência de expressão de CD45. Conclusão: Nos cistos periapicais não houve expressão imuno-histoquímica de CTM e a expressão imuno-histoquímica ocorreu em 2 dos 10 casos de granulomas periapicais.