Objetivo: Avaliar o efeito antibacteriano de sistemas reciprocantes associados ao hipoclorito de sódio 2,5% e ao vinagre de maça em canais radiculares infectados. Materiais e métodos: Cinquenta dentes humanos unirradiculares extraídos foram preparados, inoculados com Enterococcus faecalis e incubados a 37°C por sessenta dias. Os espécimes foram aleatoriamente divididos em 05 grupos sendo três experimentais e dois controles (1. WaveOne® 40.08; 2. Reciproc® 40.06; 3. Unicone® 40.06; 4. Controle positivo; Controle negativo). Para cada grupo experimental, cinco espécimes foram irrigados com hipoclorito de sódio 2,5% e cinco com vinagre de maçã. O crescimento bacteriano foi analisado pela turbidez do meio de cultura e espectrofotometria UV. A limpeza das paredes dentinárias foi analisada por microscopia eletrônica de varredura. Resultados: Todos os grupos mostraram redução significativa da densidade óptica do meio de cultura após o preparo do canal radicular (p<0,05). Nenhuma estratégia de sanificação promoveu a eliminação completa do E. faecalis. Na análise da limpeza da superfície radicular, foi verificado que, em nenhum dos grupos houve a remoção completa dos debris, não sendo verificadas diferenças significativas indiferente aos terços analisados (p>0,05). Conclusão: Os instrumentos reciprocantes (WaveOne®, Reciproc® e Unicorne®) e as soluções irrigadoras hipoclorito de sódio 2,5% e vinagre de maça não foram efetivos na completa eliminação do E. faecalis em canais radiculares infectados.