Objetivo: Avaliar o índice de transporte (IT) e a capacidade de centralização (CC) do preparo do canal radicular com instrumentos endodônticos de níquel- titânio acionados em rotação contínua e reciprocante. Materiais e métodos: Noventa e seis canais mesiovestibulares de molares inferiores (primeiro e segundo) foram aleatoriamente divididos em 06 grupos (n=16), de acordo com o instrumento rotatório utilizado: Grupo 1- ProTaper Next®; Grupo 2- ProTaper Gold®; Grupo 3- Mtwo®; Grupo 4- BioRaCe®; Grupo 5- WaveOne Gold®; Grupo 6- Reciproc®. A técnica de preparo do canal radicular obedeceu a orientação dos fabricantes. Tomografia computadorizada de feixe cônico foi realizada antes e após o preparo dos canais radiculares. Foram estabelecidos 06 níveis para a realização das mensurações nas imagens: 2, 3 e 4 mm aquém do vértice radicular e 2, 3 e 4 mm abaixo da furca. O índice de transporte e a capacidade de centralização foram analizados conforme proposto por Gambill et al. (1996). Resultados: O maior IT no sentido mesiodistal (MD) foi observado com o Reciproc® (p<0,05), enquanto que no sentido vestíbulolingual (VL) foram verificados com Reciproc®, ProTaper Gold® e ProTaper Next® (p<0,05). Os maiores valores de CC(MD) e (VL) foram observados com os sistemas BioRaCe® (p<0,05) e BioRaCe® e Mtwo® (p<0,05), respectivamente. Conclusão: Todos os sistemas promoveram transporte do canal radicular. Nenhum instrumento mostrou capacidade de centralização do preparo perfeita. O Reciproc® obteve os valores maiores de IT(MD) e (VL). O sistema BioRaCe® apresentou a maior CC(MD), enquanto que no sentido (VL) o BioRaCe® e Mtwo® mostraram capacidades similares.